Direktorat Lalu Lintas dan Angkutan Laut mempunyai tugas melaksanakan perumusan dan pelaksanaan kebijakan, penyusunan norma, standar, prosedur dan kriteria, pemberian bimbingan teknis dan supervisi serta pemantauan, analisis, evaluasi dan pelaporan di bidang lalu lintas dan angkutan laut yang tidak melayani lintas penyeberangan.

Fungsi Direktorat Lalu Lintas dan Angkutan Laut​​

• Penyiapan perumusan kebijakan di bidang lalu lintas dan angkutan laut dalam negeri, angkutan laut luar negeri, angkutan laut khusus, usaha jasa terkait angkutan laut, pengembangan usaha angkutan laut, sistem informasi angkutan laut dan sarana prasarana angkutan laut yang tidak melayani lintas penyeberangan serta pelaksanaan penanggulangan darurat akibat bencana;
• Penyiapan pelaksanaan kebijakan di bidang lalu lintas dan angkutan laut dalam negeri, angkutan laut luar negeri, angkutan laut khusus, usaha jasa terkait angkutan laut, pengembangan usaha angkutan laut, sistem informasi angkutan laut dan sarana prasarana angkutan laut yang tidak melayani lintas penyeberangan, termasuk pelaksanaan penanggulangan darurat akibat bencana;
• Penyiapan penyusunan norma, standar, prosedur dan kriteria di bidang lalu lintas dan angkutan laut dalam negeri, angkutan laut luar negeri, angkutan laut khusus, usaha jasa terkait angkutan laut, pengembangan usaha angkutan laut, sistem informasi angkutan laut dan sarana prasarana angkutan laut yang tidak melayani lintas penyeberangan, termasuk pelaksanaan penanggulangan darurat akibat bencana;
• Penyiapan pemberian bimbingan teknis dan supervisi di bidang lalu lintas dan angkutan laut dalam negeri, angkutan laut luar negeri, angkutan laut khusus, usaha jasa terkait angkutan laut, pengembangan usaha angkutan laut, sistem informasi angkutan laut dan sarana prasarana angkutan laut yang tidak melayani lintas penyeberangan, termasuk pelaksanaan penanggulangan darurat akibat bencana;
• Penyiapan pemantauan, analisis, evaluasi dan pelaporan di bidang lalu lintas dan angkutan laut dalam negeri, angkutan laut luar negeri, angkutan laut khusus, usaha jasa terkait angkutan laut, pengembangan usaha angkutan laut, sistem informasi angkutan laut dan sarana prasarana angkutan laut yang tidak melayani lintas penyeberangan, termasuk pelaksanaan penanggulangan darurat akibat bencana; dan
• Penyiapan pembinaan dan pemberian dukungan administrasi urusan tata usaha, sumber daya manusia, pengumpulan dan pengolahan data, keuangan dan rumah tangga Direktorat.