Kantor Unit Penyelenggara Pelabuhan Kelas III Tanjung Santan sesuai dengan Peraturan Menteri Perhubungan nomor KM. 62 tahun 2010 tentang Organisasi dan Tata kerja Kantor Unit Penyelenggara Pelabuhan adalah Unit Pelaksana Teknis di lingkungan Kementerian Perhubungan yang berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Menteri Perhubungan melalui Direktur Jenderal Perhubungan Laut.

Kantor Unit Penyelenggara Pelabuhan Kelas III Tanjung Santan dipimpin oleh seorang Kepala.

Kantor Unit Penyelenggara Pelabuhan Kelas III Tanjung Santan mempunyai tugas melaksanakan pengaturan, pengendalian, dan pengawasan kegiatan kepelabuhanan, keselamatan dan keamanan pelayaran pada pelabuhan, serta penyediaan dan/atau pelayanan jasa kepelabuhanan yang belum diusahakan secara komersial.

Dalam melaksanakan tugas Kantor Unit Penyelenggara Pelabuhan menyelenggarakan fungsi sebagai berikut:

1. Penyiapan bahan penyusunan rencana induk pelabuhan serta Daerah Lingkungan Kerja (DLKr) dan Daerah Lingkungan Kepentingan (DLKp) pelabuhan;
2. Penyediaan dan pemeliharaan penahan gelombang, kolam pelabuhan, alur pelayaran, dan sarana bantu navigasi pelayaran;
3. Penjaminan kelancaran arus barang, penumpang dan hewan;
4. Penyediaan dan/ataun pelayanan jasa kepelabuhanan;
5. Pengaturan, pengendalian, dan pengawasan usaha jasa terkait dengan kepelabuhanan dan angkutan di perairan;
6. Penyediaan fasilitas pelabuhan dan jasa pemanduan dan penundaan;
7. Penjamin keamanan dan ketertiban di pelabuhan;
8. Pemeliharaan kelestarian lingkungan di pelabuhan;
9. Penyiapan bahan pengawasan keselamatan dan keamanan pelayaran; dan
10. Pengelolaan urusan tata usaha, kepegawaian, keuangan, hukum dan hubungan masyarakat.

Kantor Unit Penyelenggara Pelabuhan Kelas III Tanjung Santan terdiri atas :

1. Petugas Tata Usaha;
2. Petugas Lalu Lintas dan Angkutan Laut dan Pelayanan Jasa;
3. Petugas Fasilitas Pelabuhan dan Ketertiban; dan
4. Petugas Kesyahbandaran.

Masing masing bagian mempunyai tugas sebagai berikut :

1. Petugas Tata Usaha mempunyai tugas melakukan kegiatan keuangan, kepegawaian dan umum, hukum dan hubungan masyarakat serta pelaporan di lingkungan Kantor Unit Penyelenggara Pelabuhan.
2. Petugas Lalu Lintas dan Angkutan Laut dan Pelayanan Jasa mempunyai tugas melakukan kegiatan penyediaan dan pemeliharaan penahan gelombang, kolam pelabuhan, alur pelayaran, dan sarana bantu navigasi pelayaran, penjaminan kelancaran arus barang, penumpang dan hewan, penyediaan dan/atau pelayanan jasa kepelabuhanan dan pengaturan, pengendalian, dan pengawasan usaha jasa terkait dengan kepelabuhanan dan angkutan di perairan.
3. Petugas Fasilitas Pelabuhan dan Ketertiban mempunyai tugas melakukan penyiapan bahan penyusunan rencana induk pelabuhan serta Daerah Lingkungan Kerja (DLKr) dan Daerah Lingkungan Kepentingan (DLKp) pelabuhan, penyediaan fasilitas pelabuhan dan jasa pemanduan dan penundaan, penjaminan keamanan dan ketertiban di pelabuhan dan pemeliharaan kelestarian lingkungan di pelabuhan.
4. Petugas Kesyahbandaran mempunyai tugas mempunyai tugas melakukan melakukan penyiapan bahan pengawasan keselamatan dan keamanan.

Pada Kantor Unit Penyelenggara Pelabuhan dapat dibentuk wilayah kerja sesuai kebutuhan berdasarkan analisis organisasi dan beban kerja. Wilayah Kerja adalah satuan tugas yang berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Kantor Unit Penyelenggara Pelabuhan yang membawahinya. Wilayah Kerja Kantor Unit Penyelenggara Pelabuhan mempunyai tugas melakukan kegiatan pemberian pelayanan lalu lintas dan angkutan laut, keamanan dan keselamatan peiayaran di perairan pelabuhan untuk memperlancar angkutan laut.