Guna lebih mengefektifkan pelaksanaan program tol laut, Direktorat Jenderal Perhubungan Laut mengubah 2 (dua) trayek pelayaran tol laut yaitu trayek T-4 dan trayek T-6. Perubahan trayek pelayaran tol laut ini tertuang dalam Keputusan Direktur Jenderal Perhubungan Laut Nomor. AL.108/4/16/DJPL-2016 tanggal 28 September 2016 tentang Perubahan Atas Keputusan Direktorat Jenderal Perhubungan Laut Nomor. 108/7/8/DJPL-15 tentang Jaringan Trayek Pelayaran Tol Laut Tahun 2016 dan Ketentuan-Ketentuan Pelaksanaannya.
Berdasarkan Keputusan Dirjen Hubla tersebut, jaringan pelayaran tol laut trayek T-4 yang semula melayani pelayaran dari Pelabuhan Tanjung Priok-Makassar-Manokwari-Wasior-Nabire-Serui-Biak (PP), diubah menjadi Makassar-Manokwari-Wasior-Nabire-Serui-Biak (PP). Sedangkan pada trayek T-6 yang semula melayani trayek pelayaran dari Pelabuhan Tanjung Priok-Tarempa-Natuna (PP) diubah menjadi Pontianak-Natuna-Tarempa (PP).
Menurut Direktur Jenderal Perhubungan Laut, Ir. A. Tonny Budiono, MM bahwa evaluasi terhadap 6 (enam) trayek pelayaran tol laut yang sudah berjalan selama 2 (dua) tahun terakhir ini, selain untuk efisiensi dan efektivitas kelancaran pelaksanaan program tol laut juga dalam rangka menunjang pendistribusian barang dan pengembangan ekonomi di daerah-daerah terpencil, belum berkembang serta dalam upaya menurunkan disparitas harga antara wilayah Indonesia Bagian Barat dengan Indonesia Bagian Timur.
“Dengan berubahnya kedua trayek pelayaran tol laut tersebut, maka Pelabuhan Tanjung Priok yang semula menjadi pangkalan kapal tol laut, ke depan tidak lagi menjadi pelabuhan singgah kapal laut. Hal ini diharapkan akan mengurangi waktu berlayar kapal tol laut, sehingga akan mempercepat pendistribusian barang menuju ke wilayah-wilayah yang masih terpencil dan belum berkembang,” ujar Tonny.
Berikut adalah 6 (enam) jaringan trayek tol laut Tahun Anggaran 2016 :
1) Trayek T-1 melayani trayek Pelabuhan Tanjung Perak-Wanci-Namlea-Fak-Fak-Kaimana-Timika-Kaimana-Fak-Fak-Namlea-Wanci-Tanjung Perak,
2) Trayek T-2 melayani trayek Tanjung Perak-Kalabahi-Moa-Saumlaki-Dobo-Merauke- Dobo-Saumlaki-Moa-Kalabahi-Tanjung Perak,
3) Trayek T-3 melayani trayek Tanjung Perak- Larantuka-Lewoleba-Rote-Sabu-Waingapu-Sabu-Rote-Lewoleba-Larantuka-Tanjung-Perak,
4) Trayek T-4 melayani trayek Makasar-Manokwari-Wasior-Nabire-Serui-Biak-Serui-Nabire-Wasior-Manikwari-Makassar,
5) Trayek T-5 melayani trayek Makassar-Tahuna-Lirung-Morotai-Tobelo-Ternate-Babang-Ternate-Tobelo-Morotai-Lirung-Tahuna-Makassar,
6) Trayek T-6 melayani trayek Pontianak-Tarempa-Natuna-tarempa-Pontianak.
Sedangkan untuk jenis muatan yang harus diangkut oleh kapal tol laut, tetap mengacu pada Peraturan Presiden No. 71/2015 tanggal 15 Juni 2015 tentang Penetapan dan Penyimpanan Barang Kebutuhan Pokok dan Barang Penting. Barang kebutuhan pokok meliputi hal-hal sebagai berikut :
a. Barang kebutuhan pokok hasil pertanian, terdiri beras, kedelai bahan baku tahu dan tempe, cabe dan bawang merah,
b. Barang kebutuhan pokok hasil industri, meliputi gula, minyak goreng dan tepung terigu,
c. Barang kebutuhan pokok hasil peternakan dan perikanan, meliputi daging sapi, daging ayam ras, telur ayam ras dan ikan segar yaitu Bandeng, Kembung dan Tongkol/Tuna/Cakalang.
Sedangkan Barang Penting yang dapat diangkut oleh kapal tol laut terdiri dari benih yaitu benih padi, jagung dan kedelai, pupuk, triplek, semen, besi baja konstruksi dan baja ringan.