Kantor Kesyahbandaran dan Otoritas Pelabuhan mempunyai tugas melaksanakan pengawasan dan penegakan hukum di bidang keselamatan dan keamanan pelayaran, koordinasi kegiatan pemerintahan di pelabuhan serta pengaturan, pengendalian, dan pengawasan kegiatan kepelabuhanan pada pelabuhan yang diusahakan secara komersial.

Dalam melaksanakan tugas tersebut, Kantor Kesyahbandaran dan Otoritas Pelabuhan menyelenggarakan fungsi :

1. Pelaksanaan pengawasan dan pemenuhan kelaiklautan kapal, sertifikasi kapal, pencegahan pencemaran dari kapal dan penetapan status hukum kapal;
2. Pelaksanaan pemeriksaan manajemen keselamatan kapal;
3. Pelaksanaan pengawasan keselamatan dan keamanan pelayaran terkait dengan kagiatan bongkar muat barang berbahaya, barang khusus, limbah bahan berbahaya dan beracun (B3), pengisian bahan bakar, ketertiban embarkasi dan debarkasi penumpang, pembangunan fasilitas pelabuhan, pengerukan dan reklamasi, laik layar dan kepelautan, tertib lalu lintas kapal di perairan pelabuhan dan alur pelayaran, pemanduan dan penundaan kapal, serta penerbitan Surat Persetujuan Berlayar;
4. Pelaksanaan pemeriksaan kecelakaan kapal, pencegahan dan pemadaman kebakaran di perairan pelabuhan, penanganan musibah di laut, pelaksanaan perlindungan lingkungan maritim dan penegakan hukum di bidang keselamatan dan keamanan pelayaran;
5. Pelaksanaan koordinasi kegiatan pemerintahan di pelabuhan yang terkait dengan pelaksanaan pengawasan dan penegakan hukum di bidang keselamatan dan keamanan pelayaran;
6. Pelaksanaan penyusunan Rencana Induk Pelabuhan, Daerah Lingkungan Kerja dan Daerah Lingkungan Kepentingan Pelabuhan, serta pengawasan penggunanannya, pengusulan tarif untuk ditetapkan Menteri;
7. Pelaksanaan penyediaan, pengaturan dan pengawasan penggunaan lahan daratan dan perairan pelabuhan, pemeliharaan penahan gelombang, kolam pelabuhan, alur pelayaran dan jaringan serta sarana bantu navigasi pelayaran;
8. Pelaksanaan penjaminan dan pemeliharaan kelestarian lingkungan di pelabuhan, keamanan dan ketertiban, kelancaran arus barang di pelabuhan;
9. Pelaksanaan pengaturan lalu lintas kapal keluar masuk pelabuhan melalui pemanduan kapal, penyediaan dan/atau pelayanan jasa kepelabuhanan serta pemberian konsesi atau bentuk lainnya kepada Badan Usaha Pelabuhan;
10. Penyiapan bahan penetapan dan evaluasi standar kinerja operasional pelayanan hada kepelabuhanan; dan
11. Pelaksanaan urusan keuangan, kepegawaian dan umum, hukum dan hubungan masyarakat serta pelaporan.