Kantor Kesyahbandaran dan Otoritas Pelabuhan Kelas II Kendari adalah unit pelaksana teknis di lingkungan Direktorat Jenderal Perhubungan Laut Kementerian Perhubungan yang berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Direktur Jenderal Perhubungan Laut.

Kantor Kesyahbandaran dan Otoritas Pelabuhan Kelas II Kendari mempunyai tugas melaksanakan pengawasan, dan penegakan hukum di bidang keselamatan dan keamanan pelayaran, koordinasi kegiatan pemerintahan di pelabuhan serta pengaturan, pengendalian dan pengawasan kegiatan kepelabuhanan pada pelabuhan yang diusahakan secara komersial.

Kantor Kesyahbandaran dan Otoritas Pelabuhan Kelas II Kendari meyelenggarakan fungsi :

1. Pelaksanaan penyediaan, pengaturan, dan pengawasan penggunaan lahan daratan dan perairan pelabuhan;
2. Pelaksanaan penyediaan dan pemeliharaan penahan gelombang, kolam pelabuhan, alur-pelayaran, dan jaringan jalan;
3. Pelaksanaan penyediaan dan pemeliharaan Sarana Bantu Navigasi Pelayaran;
4. Pelaksanaan penjaminan dan pemeliharaan kelestarian lingkungan di pelabuhan;
5. Pelaksanaan penyusunan Rencana Induk Pelabuhan, Daerah Lingkungan Kerja dan Daerah Lingkungan Kepentingan pelabuhan, serta pengawasan penggunaannya;
6. Pelaksanaan pengusulan tarif untuk ditetapkan Menteri, atas penggunaan perairan dan/atau daratan, dan fasilitas pelabuhan yang disediakan oleh Pemerintah serta jasa kepelabuhanan yang diselenggarakan oleh Otoritas Pelabuhan sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan;
7. Pelaksanaan pengaturan lalu lintas kapal ke luar masuk pelabuhan melalui pemanduan kapal;
8. Pelaksanaan penjaminan keamanan dan ketertiban, kelancaran arus barang di pelabuhan;
9. Pelaksanaan penyediaan dan/atau pelayanan jasa kepelabuhanan yang diperlukan oleh pengguna jasa yang belum disediakan oleh Badan Usaha Pelabuhan;
10. Pelaksanaan pemberian konsesi atau bentuk lainnya kepada Badan Usaha Pelabuhan untuk melakukan kegiatan pengusahaan di pelabuhan;
11. Penyiapan bahan penetapan dan evaluasi standar kinerja operasional pelayanan jasa kepelabuhanan; dan
12. Pengelolaan urusan tata usaha, kepegawaian, keuangan, hukum dan hubungan masyarakat.

Kantor Kesyahbandaran dan Otoritas Pelabuhan Kelas II Kendari mempunyai visi, misi, sasaran dan tujuan dalam melaksanakan tugas dan kewajibannya. Adapun visi nya secara nasional adalah pelaksanaan pelayanan operasional pelabuhan yang kondusif, efektif dan efisien serta mampu bersaing dengan negara lain. sebagaimana dinyatakan dalam Undang-Undang Nomor 17 Tahun 2008 tentang Pelayaran

Untuk mewujudkan visi Kantor Kesyahbandaran dan Otoritas Pelabuhan Kelas II Kendari telah menetapkan misi sebagai berikut:

1. Terwujudnya pengelolaan lahan bagi para pengelola terminal sesuai kebutuhan dan peruntukannya.
2. Tersedianya infrastruktur pokok pelabuhan yang memadai, termasuk acces jalan dari pelabuhan ke pusat-pusat industri.
3. Tercapainya Penetapan standar kinerja kepelabuhanan sesuai dengan peruntukan masing-masing terminal.
4. Terciptanya masyarakat maritim disekitar pelabuhan yang mampu berperan positif dalam kegiatan kepelabuhanan

Sasaran dari Kantor Kesyahbandaran dan Otoritas Pelabuhan Kelas II Kendari antara lain:

1. Tersedianya dokumen perencanaan pengembangan fasilitas pelabuhan;
2. Meningkatnya penyediaan fasilitas pelabuhan serta sarana pelayanan lainnya sesuai yang ditetapkan dalam Masterplan Pelabuhan, baik yang disediakan oleh Penyelenggara Pelabuhan maupun Badan Usaha Pelabuhan
3. Meningkatnya kinerja operasional pelabuhan dalam rangka pemenuhan standar kinerja yang ditetapkan
4. Meningkatnya efektivitas pemanfaatan fasilitas pelayanan pelabuhan
5. Meningkatnya penjaminan dan pemeliharaan kelestarian lingkungan di pelabuhan
6. Meningkatnya Pelayanan Lalu Lintas Angkutan Laut dan Kepelabuhanan
7. Meningkatnya kualitas tata kelola pemerintahan di lingkungan Kantor Kesyahbandaran dan Otoritas Pelabuhan Kelas II Kendari

Tujuan dari Kantor Kesyahbandaran dan Otoritas Pelabuhan Kelas II Kendari adalah:

1. Memisahkan fungsi operator dan regulator dalam penyelenggaraan pelabuhan.
2. Memberikan kesempatan yang lebih luas kepada swasta untuk berperan serta dalam penyelenggaraan pelabuhan dalam bentuk penyelenggaraan terminal di pelabuhan.
3. Menciptakan kompetisi yang sehat dalam penyelenggaraan pelabuhan, sehingga terjadi efisiensi nasional.