Berdasarkan Peraturan Menteri Perhubungan Nomor KM. 30 Tahun 2006 tentang Organisasi dan Tata Kerja Distrik Navigasi.

Tugas Distrik Navigasi adalah Melaksanakan Perencanaan, Pengoperasian, Pengadaan dan Pengawasan Sarana Bantu Navigasi Pelayaran, Telekomunikasi Pelayaran, serta kegiatan Pengamatan Laut, Survey Hidrografi, Pemantauan Alur dan Perlintasan dengan menggunakan sarana instalasi untuk kepentingan keselamatan pelayaran.

Selanjutnya dalam Peraturan Menteri Perhubungan Nomor KM. 30 Tahun 2006 tersebut dalam pasal 3 diuraikan tentang fungsi Distrik Navigasi Yaitu :

a. Penyusunan Rencana dan Program Pengoperasian, serta Pengawasan Sarana Bantu Navigasi Pelayaran, Telekomunikasi Pelayaran, Kapal Negara Kenavigasian, Fasilitas Pangkalan, Bengkel, Pengamatan Laut dan Survey Hidrografi serta Pemantauan Alur dan Perlintasan;

b. Penyusunan Rencana Kebutuhan dan Pelaksanaan Pengadaan, Penyimpanan, Penyaluran dan Penghapusan Perlengkapan dan Peralatan untuk Sarana Bantu Navigasi Pelayaran, Telekomunikasi Pelayaran, Kapal Negara Kenavigasian, Fasilitas Pangkalan, Bengkel, Pengamatan Laut dan Survey Hidrografi serta Pemantauan Alur dan Perlintasan;

c. Pelaksanaan program Pengoperasian dan Pemeliharaan Sarana Bantu Navigasi Pelayaran, Telekomunikasi Pelayaran, Kapal Negara Kenavigasian, dan Fasilitas Pangkalan serta Bengkel;

d. Pelaksanaan Pengamatan Laut dan Survei Hidrografi, serta Pemantauan Alur dan Perlintasan;

e. Pelaksanaan urusan Logistik;

f. Pelaksanaan Analisis dan Evaluasi Pengoperasian, Pengawakan dan Pemeliharaan Sarana Bantu Navigasi Pelayaran, Telekomunikasi Pelayaran, Kapal Negara Kenavigasian, Fasilitas Pangkalan, Bengkel, Pengamatan Laut, Survey Hidrografi serta Pemantauan Alur dan Perlintasan;

g. Pelaksanaan urusan Keuangan, Kepegawaian, Ketatausahaan, Kerumah Tanggaan, Hubungan Masyarakat, Pengumpulan dan Pengolahan Data Dokumentasi serta Penyusunan Laporan.