Tugas pokok Kantor Unit Penyelenggara Pelabuhan Kelas III Marapokot adalah melaksanakan pengaturan, pengendalian dan pengawasan kegiatan pelabuhan, keselamatan dan keamanan pelayaran pada pelabuhan serta penyediaan dan atau pelayanan jasa kepelabuhanan yang belum diusahakan secara komersial.

Dalam melaksanakan tugas pokoknya, Kantor Unit Penyelenggara Pelabuhan Kelas III Marapokot juga menyelenggarakan fungsi sebagai berikut:

1. Menyiapkan bahan penyusunan rencana induk pelabuhan serta Daerah Lingkungan Kerja (DLKr) dan Daerah Lingkungan Kepentingan Pelabuhan (DLKp);
2. Menyediakan dan memelihara penahan gelombang, kolam pelabuhan, alur pelayaran dan sarana bantu navigasi pelayaran;
3. Menjamin kelancaran arus barang, penumpang dan hewan;
4. Menyediakan dan/malayani jasa kepelabuhanan;
5. Mengatur, mengendalikan dan mengawasi usaha jasa terkait dengan kepelabuhanan dan angkutan diperairan;
6. Menyediakan fasilitas pelabuhan dan jasa pemanduan dan penundaan;
7. Menjamin keamanan dan ketertiban di pelabuhan;
8. Memelihara kelestarian lingkungan di pelabuhan;

Menyiapkan bahan pengawasan keselamatan dan keamanan pelayaran; danmengelola urusan tata usaha, kepegawaian, keuangan, hukum dan hubungan masyarakat.