Dalam melaksanakan tugas sebagaimana dimaksud dalam PM.77 Tahun 2018  tanggal 29 Agustus 2018, Kantor Unit Penyelenggara Pelabuhan Kelas III Manggar mempunyai tugas pokok dan fungsi serta wewenang sebagai berikut :

Tugas Pokok

Kantor Unit Penyelengara Pelabuhan Kelas III Manggar mempunyai tugas melaksanakan pengaturan, pengendalian, dan pengawasan kegiatan kepelabuhanan, keselamatan dan keamanan pelayaran pada pelabuhan, serta penyediaan dan/atau pelayanan jasa kepelabuhanan yang belum diusahakan secara komersial.

​​​​​​​Fungsi

Dalam melaksanakan tugas pokok sebagaimana tersebut dalam PM.77 Tahun 2018 pasal 2, Kantor Unit Penyelenggara Pelabuhan juga menyelenggarakan fungsi :

1. Penyiapan bahan penyusunan rencana induk pelabuhan serta Daerah Lingkungan Kerja (DLKr) dan Daerah Lingkungan Kepentingan (DLKp) pelabuhan;
2. Penyediaan dan pemeliharaan penahan gelombang, kolam pelabuhan, alur pelayaran, dan sarana bantu navigasi pelayaran;
3. Penjaminan kelancaran arus barang, penumpang dan hewan;
4. Penyediaan dan/atau pelayanan jasa kepelabuhanan
5. Pengaturan, pengendalian, dan pengawasan usaha jasa terkait dengan kepelabuhanan dan angkutan di perairan;
6. Penyediaan fasilitas pelabuhan dan jasa pemanduan dan penundaan;
7. Penjaminan keamanan dan ketertiban di pelabuhan;
8. Pemeliharaan kelestarian lingkungan di pelabuhan;
1. Penyiapan bahan pengawasan keselamatan dan keamanan pelayaran; dan
10. Pengelolaan urusan tata usaha, kepegawaian, keuangan, hukum dan hubungan masyarakat.