Kantor Unit Penyelenggara Pelabuhan Kelas III Kotabunan adalah Unit Pelaksana Teknis di lingkungan Kementerian Perhubungan yang berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Menteri Perhubungan melalui Direktur Jenderal Perhubungan Laut sesuai dengan Peraturan Menteri Perhubungan nomor PM 17 tahun 2023 tentang Organisasi dan Tata kerja Kantor Unit Penyelenggara Pelabuhan.

Kantor Unit Penyelenggara Pelabuhan Kelas III mempunyai tugas melaksanakan pengaturan, pengendalian dan pengawasan kegiatan kepelabuhanan, pemberian pelayanan jasa kepelabuhanan untuk pelabuhan yang belum diusahakan secara komersial, pengawasan keselamatan dan keamanan pelayaran, serta sertifikasi kelaiklautan kapal.

Dalam melaksanakan tugas Kantor Unit Penyelenggara Pelabuhan menyelenggarakan fungsi sebagai berikut:

1. penyiapan bahan penyusunan rencana induk pelabuhanserta daerah lingkungan kerja dan daerah lingkungan kepentingan pelabuhan;
2. penyediaan dan pemeliharaan penahan gelombang, kolam pelabuhan, alur pelayaran, dan sarana bantu navigasi pelayaran;
3. penjaminan kelancaran arus barang, penumpang dan hewan;
4. penyediaan dan/atau pelayanan jasa kepelabuhanan;
5. pengaturan, pengendalian, dan pengawasan usaha jasa terkait dengan kepelabuhanan dan angkutan di perairan;
6. penyediaan fasilitas pelabuhan dan jasa pemanduan dan penundaan;
7. penjaminan keamanan dan ketertiban di pelabuhan;
8. pemeliharaan kelestarian lingkungan di pelabuhan;
9. penyiapan bahan pengawasan keselamatan dan keamanan pelayaran;
10. pelaksanaan pemeriksaan, pengujian dan sertifikasi kelaiklautan kapal; dan
11. pengelolaan urusan tata usaha, kepegawaian, keuangan, hukum dan hubungan masyarakat.