Tugas Kantor UPP Kelas III Amahai Kantor Unit Penyelenggara Pelabuhan mempunyai tugas melaksanakan pengaturan, pengendalian, dan pengawasan kegiatan kepelabuhanan, keselamatan dan keamanan pelayeran pada pelabuhan, serta penyediaan dan/atau pelayanan jasa kepelabuhanan yang belum diusahakan secara komersial.

Fungsi Kantor UPP Kelas III Amahai:
a. Penyiapan bahan penyusunan rencana Induk pelabuhan serta Daerah Lingkungan Kerja (DLKr) dan Daerah Lingkungan Kepentingan (DLKP) pelabuhan;
b. Penyediaan dan pemeliharaan penahan gelombang, kolam pelabuhan, alur pelayaran, dan sarana bantu navigasi pelayaran;
c. Penjaminan kelancaran arus barang, penumpang dan hewan;
d. Pengaturan, pengendalian, dan pengawasan usaha jasa terkait dengan kepelabuhanan dan angkutan di perairan;
e. Penyediaan fasilitas pelabuhan dan jasa pemanduan dan penundaan;
f. Penjaminan Keamanan dan Ketertiban di Pelabuhan;
g. Penjaminan Kelestarian Lingkungan di Pelabuhan
h. Penyiapan bahan pengawasan keselamatan dan keamanan pelayaran dan
i. Pengelolaan urusan tata usaha, kepegawalan, keuangan, hukum dan hubungan masyarakat.