Kantor Kesyahbandaran dan Otoritas Pelabuhan Utama merupakan Unit Pelaksana Teknis di lingkungan Kementerian Perhubungan yang berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Direktur Jenderal Perhubungan Laut. Kantor Kesyahbandaran dan Otoritas Pelabuhan Utama dipimpin oleh seorang Kepala.
Berdasarkan Peraturan Menteri Perhubungan Nomor PM 15 Tahun 2023 Bab I Pasal 2 dinyatakan, Kantor Kesyahbandaran dan Otoritas Pelabuhan Utama mempunyai tugas melaksanakan koordinasi kegiatan pemerintahan di pelabuhan, pengawasan, dan penegakan hukum di bidang keselamatan dan keamanan pelayaran, pengaturan, pengendalian dan pengawasan kegiatan kepelabuhanan pada pelabuhan yang diusahakan secara komersial, pengendalian dan pengawasan kegiatan lalu lintas dan angkutan laut, serta sertifikasi kelaiklautan kapal. Dalam melaksanakan tugas sebagaimana dimaksud dalam Pasal 2, Kantor Kesyahbandaran dan Otoritas Pelabuhan Utama menyelenggarakan fungsi:

Susunan organisasi Kantor Kesyahbandaran dan Otoritas Pelabuhan Utama terdiri atas

a. Bagian Tata Usaha

b. Bidang Pengawasan dan Penindakan;

c. Bidang Lalu Lintas, Angkutan Laut, dan Kepelabuhanan;

d. Bidang Perkapalan dan Kepelautan; dan

e. Kelompok Jabatan Fungsional.

Tugas dan Fungsi Kantor Kesyahbandaran dan Otoritas Pelabuhan Utama Makassar sebagaimana di maksud diatas antara lain:

1. Pelaksanaan koordinasi seluruh kegiatan pemerintahan di pelabuhan, pemeriksaan dan penyimpanan surat, dokumen, dan warta kapal, penerbitan persetujuan kegiatan kapal di pelabuhan, pemeriksaan kapal, penerbitan Surat Persetujuan Berlayar, pemeriksaan pendahuluan kecelakaan kapal, dan penahanan kapal atas perintah pengadilan;
2. Pelaksanaan pengaturan, penyediaan dan pengawasan penggunaan lahan daratan dan perairan pelabuhan,pengawasan penggunaan daerah lingkungan kerja dan daerah lingkungan kepentingan pelabuhan, pengaturan lalu lintas kapal ke luar masuk pelabuhan melalui pemanduan kapal dan penetapan standar kinerja operasional pelayanan jasa kepelabuhanan;
3. Pelaksanaan penyediaan dan pemeliharaan penahan gelombang, kolam pelabuhan, alur pelayaran, jaringan jalan, dan sarana bantu navigasi pelayaran;
4. Pelaksanaan pengendalian dan pengawasan kegiatan lalu lintas dan angkutan laut;
5. pelaksanaan pemeriksaan, pengujian dan sertifikasi kelaiklautan kapal serta penyijilan awak kapal;
6. penyusunan perencanaan, pelaksanaan urusan keuangan, perlengkapan, ketatausahaan, kerumahtanggaan, sumber daya manusia, hukum, organisasi, dan hubungan masyarakat; dan;
7. penyusunan evaluasi dan pelaporan.