Kantor Kesyahbandaran dan Otoritas Pelabuhan Utama merupakan Unit Pelaksana Teknis di lingkungan Kementerian Perhubungan yang berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Direktur Jenderal Perhubungan Laut.
Kantor Kesyahbandaran dan Otoritas Pelabuhan Utama dipimpin oleh seorang Kepala.

1. Melaksanakan koordinasi kegiatan pemerintahan di pelabuhan,
2. Pengawasan, dan penegakan hukum di bidang keselamatan dan keamanan pelayaran,
3. Pengaturan, pengendalian dan pengawasan kegiatan kepelabuhanan pada pelabuhan yang diusahakan secara komersial,
4. Pengendalian dan pengawasan kegiatan lalu lintas dan angkutan laut, serta
5. Sertifikasi kelaiklautan kapal.

1. pelaksanaan koordinasi seluruh kegiatan pemerintahan di pelabuhan, pemeriksaan dan penyimpanan surat, dokumen, dan warta kapal, penerbitan persetujuan kegiatan kapal di pelabuhan, pemeriksaan kapal, penerbitan Surat Persetujuan Berlayar, pemeriksaan pendahuluan kecelakaan kapal, dan penahanan kapal atas perintah pengadilan;
2. pelaksanaan pengaturan, penyediaan dan pengawasan penggunaan lahan daratan dan perairan pelabuhan, pengawasan penggunaan daerah lingkungan kerja dan daerah lingkungan kepentingan pelabuhan, pengaturan lalu lintas kapal ke luar masuk pelabuhan melalui pemanduan kapal dan penetapan standar kinerja operasional pelayanan jasa kepelabuhanan;
3. pelaksanaan penyediaan dan pemeliharaan penahan gelombang, kolam pelabuhan, alur pelayaran, jaringan jalan, dan sarana bantu navigasi pelayaran.
4. pelaksanaan pengendalian dan pengawasan kegiatan lalu lintas dan angkutan laut;
5. pelaksanaan pemeriksaan, pengujian dan sertifikasi kelaiklautan kapal serta penyijilan awak kapal;
6. penyusunan perencanaan, pelaksanaan urusan keuangan, perlengkapan, ketatausahaan, kerumahtanggaan, sumber daya manusia, hukum, organisasi, dan hubungan masyarakat; dan
7. penyusunan evaluasi dan pelaporan.

1. Bagian Tata Usaha
2. Bidang Pengawasan dan Penindakan;
3. Bidang Lalu Lintas, Angkutan Laut, dan Kepelabuhanan;
4. Bidang Perkapalan dan Kepelautan; dan
5. Kelompok Jabatan Fungsional.