Kantor Kesyahbandaran dan Otoritas Pelabuhan Kelas II Tanjung Buton menyelenggarakan tugas, pokok dan fungsi sebagai berikut :

a. Melaksanakan pengawasan dan pemenuhan kelaiklautan kapal, sertifikasi keselamatan kapal, pencegahan pencemaran dari kapal dan penetapan status hukum kapal;

b. Melaksanakan pemeriksaan manajemen keselamatan kapal;

c. Melaksanakan pengawasan keselamatan dan keamanan pelayaran terkait dengan kegiatan bongkar muat barang berbahaya, barang khusus, limbah bahan berbahaya dan beracun (B3), pengisian bahan bakar, ketertiban embarkasi dan debarkasi penumpang, pembangunan fasilitas pelabuhan, pengerukan dan reklamasi, laik layar dan kepelautan, tertib lalu lintas kapal di perairan pelabuhan dan alur pelayaran, pemanduan dan penundaan kapal serta penerbitan Surat Persetujuan Berlayar (SPB);

d. Melaksanakan pemeriksaan kecelakaan kapal, pencegahan dan pemadaman kebakaran di perairan pelabuhan, penanganan musibah di laut, pelaksanaan perlindungan maritim dan penegakan hukum dibidang keselamatan dan keamanan pelayaran;

e. Melaksanakan koordinasi kegiatan pemerintahan dipelabuhan yang terkait dengan pelaksanaan pengawasan dan penegakan hukum di bidang keselamatan dan keamanan pelayaran;

f. Melaksanakan penyusunan Rencana Induk Pelabuhan, Daerah Lingkungan Kerja dan Daerah Lingkungan Kepentingan Pelabuhan, serta pengawasan, penggunaannya, pengusulan tarif untuk ditentukan oleh Menteri;

g. Melaksanakan penyediaan, pengaturan, dan pengawasan penggunaan lahan daratan dan perairan pelabuhan, pemeliharaan penahan gelombang, kolam pelabuhan, alur pelayaran dan jaringan jalan serta sarana bantu navigasi pelayaran;

h. Melaksanakan penjaminan dan pemeliharaan kelestarian lingkungan di pelabuhan, keamanan dan ketertiban, kelancaran arus barang di pelabuhan;

i. Melaksanakan pengaturan lalu lintas kapal keluar masuk pelabuhan melalui pemanduan kapal, penyediaan dan/atau pelayanan jasa kepelabuhanan serta pemberian konsesi atau bentuk lainnya kepada Badan Usaha Pelabuhan;

j. Menyiapkan bahan penetapan dan evaluasi standar kinerja operasional pelayanan jasa kepelabuhanan;

k. Melaksanakan urusan keuangan, kepegawaian dan umum, hukum dan hubungan masyarakat serta pelaporan.