Berdasarkan Peraturan Menteri Perhubungan Nomor PM 36 Tahun 2012 Bab I Pasal 2 Kantor Kesyahbandaran dan Otoritas Pelabuhan mempunyai tugas melaksanakan pengawasan, dan penegakan hukum di bidang keselamatan dan keamanan pelayaran, koordinasi kegiatan pemerintahan di pelabuhan serta pengaturan, pengendalian dan pengawasan kegiatan kepelabuhanan pada pelabuhan yang diusahakan secara komersial.

Dalam melaksanakan tugas sebagaimana dimaksud dalam Pasal 2, Kantor Kesyahbandaran dan Otoritas Pelabuhan menyelenggarakan fungsi:

1. Melaksanakan pengawasan dan pemenuhan kelaiklautan kapal, sertifikasi keselamatan kapal, pencegahan pencemaran  dari kapal dan penetapan status hukum kapal;
2. Melaksanakan pemeriksaan manajemen keselamatan kapal;
3. Melaksanakan pengawasan keselamatan dan keamanan pelayaran terkait dengan kegiatan bongkar muat barang berbahaya, barang khusus, limbah bahan berbahaya dan beracun (B3), pengisian bahan bakar, pembangunan fasilitas pelabuhan, pengerukan dan reklamasi, laik layar dan kepelautan, tertib lalu lintas kapal di perairan pelabuhan dan alur pelayaran, pemanduan dan penundaan kapal serta penerbitan Surat Persetujuan Berlayar (SPB);
4. Melaksanakan pemeriksaan kecelakaan kapal, pencegahan dan pemadaman kebakaran di perairan pelabuhan, penanganan musibah di laut, pelaksanaan perlindungan maritim dan penegakan hukum dibidang keselamatan dan keamanan pelayaran;
5. Melaksanakan koordinasi kegiatan pemerintahan dipelabuhan yang terkait dengan pelaksanaan pengawasan dan penegakan hukum di bidang keselamatan dan keamanan pelayaran;
6. Melaksanakan penyusunan Rencana Induk Pelabuhan, Daerah Lingkungan Kerja dan Daerah Lingkungan Kepentingan Pelabuhan, serta pengawasan, penggunaannya, pengusulan tarif untuk ditentukan oleh Menteri;
7. Melaksanakan penyediaan, pengaturan, dan pengawasan penggunaan lahan daratan dan perairan pelabuhan, pemeliharaan penahan gelombang, kolam pelabuhan, alur pelayaran dan jaringan jalan serta sarana bantu navigasi pelayaran;
8. Melaksanakan penjaminan dan pemeliharaan kelestarian lingkungan di pelabuhan, keamanan dan ketertiban, kelancaran arus barang di pelabuhan;
9. Melaksanakan pengaturan lalu lintas kapal keluar masuk pelabuhan melalui pemanduan kapal, penyediaan dan/atau pelayanan jasa kepelabuhanan serta pemberian konsesi atau bentuk lainnya kepada Badan Usaha Pelabuhan;
10. Menyiapkan bahan penetapan dan evaluasi standar kinerja operasional pelayanan jasa kepelabuhanan;
11. Melaksanakan urusan keuangan, kepegawaian dan umum, hukum dan hubungan masyarakat serta pelaporan.