Kantor Kesyahbandaran dan Otoritas Pelabuhan Kelas IV Panarukan adalah Unit Pelaksana Teknis di lingkungan Kementerian Perhubungan yang berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Menteri Perhubungan melalui Direktorat Jenderal Perhubungan Laut, yang mempunyai tugas melaksanakan pengawasan dan penegakan hukum di bidang keselamatan dan keamanan pelayaran, serta koordinasi kegiatan pemerintahan di pelabuhan serta pengaturan, pengendalian dan pengawasan kegiatan kepelabuhanan pada pelabuhan yang diusahakan secara komersial.

Dalam melaksanakan tugas tersebut di atas, Kantor Kesyahbandaran dan Otoritas Pelabuhan Kelas IV Panarukan menyelenggarakan fungsi sebagai berikut :

1. Pelaksanaan pengawasan dan pemenuhan kelaiklautan kapal, keselamatan, keamanan dan ketertiban di pelabuhan serta penerbitan Surat Persetujuan Berlayar;
2. Pelaksanaan pengawasan tertib lalu lintas kapal di perairan pelabuhan dan alur pelayaran;
3. Pelaksanaan pengawasan kegiatan alih muat di perairan pelabuhan, kegiatan salvage dan Pekerjaan Bawah Air, pemanduan dan penundaan kapal;
4. Pelaksanaan pengawasan keselamatan dan keamanan pelayaran terkait dengan kegiatan Bongkar Muat Barang Berbahaya, Barang Khusus, limbah Bahan Berbahaya dan Beracun (B3), pengisian bahan bakar, ketertiban embarkasi dan debarkasi penumpang, pembangunan fasillitas pelabuhan, pengerukan dan reklamasi;
5. Pelaksanaan bantuan pencarian dan penyelamatan (Search And Rescue/SAR), pengendalian dan koordinasi penanggulangan pencemaran dan pemadaman kebakaran di pelabuhan serta pengawasan pelaksanaan perlindungan lingkungan maritim;
6. Pelaksanaan pemeriksaan kecelakaan kapal;
7. Penegakan hukum di bidang keselamatan dan keamanan pelayaran sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan;
8. Pelaksanaan koordinasi kegiatan pemerintahan di pelabuhan yang terkait dengan pelaksanaan pengawasan dan penegakan hukum di bidang keselamatan dan keamanan pelayaran; dan
9. Pengelolaan urusan tata usaha, kepegawaian, keuangan, hukum dan hubungan masyarakat.