Kantor Kesyahbandaran dan Otoritas Pelabuhan Kelas II Jayapura adalah unit pelaksana teknis di lingkungan Direktorat Jenderal Perhubungan Laut Kementerian Perhubungan yang berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Direktorat Jenderal Perhubungan Laut. Kantor Kesyahbandaran dan Otoritas Pelabuhan Kelas II Jayapura mempunyai tugas melaksanakan pengawasan, penegakan hukum di bidang keselamatan dan keamanan pelayaran serta pengaturan pengendalian dan pengawasan kegiatan kepelabuhanan.

Kantor Kesyahbandaran dan Otoritas Pelabuhan Kelas II Jayapura mempunyai fungsi :

1. Pelaksanaan penyediaan, pengaturan, dan pengawasan penggunaan lahan daratan dan perairan pelabuhan
2. Pelaksanaan penyediaan dan pemeliharaan penahan gelombang, kolam pelabuhan, alur-pelayaran, dan jaringan jalan
3. Pelaksanaan penyediaan dan pemeliharaan Sarana Bantu Navigasi Pelayaran
4. Pelaksanaan penjamin dan pemeliharaan kelestarian lingkungan di pelabuhan
5. Pelaksanaan penyusun Rencana Induk Pelabuhan, Daerah Lingkungan Kerja dan Daerah Lingkungan Kepentingan pelabuhan, serta pengawasan penggunaannya
6. Pelaksanaan pengusulan tarif untuk ditetapkan Menteri, atas penggunaan perairan dan/atau daratan, dan fasilitas pelabuhan yang disediakan oleh Pemerintah serta jasa kepelabuhanan yang diselenggarakan oleh Otoritas Pelabuhan sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan
7. Pelaksanaan pengaturan lalu lintas kapal ke luar masuk pelabuhan melalui pemanduan kapal
8. Pelaksanaan penjaminan keamanan dan ketertiban, kelancaran arus barang di pelabuhan
9. Pelaksanaan penyediaan dan/atau pelayanan jasa kepelabuhanan yang diperlukan oleh pengguna jasa yang belum disediakan oleh Badan Usaha Pelabuhan
10. Pelaksanaan pemberian konsesi atau bentuk lainnya kepada Badan Usaha Pelabuhan untuk melakukan kegiatan pengusahaan di pelabuhan
11. Penyiapan bahan penetapan dan evaluasi standar kinerja operasional pelayanan jasa kepelabuhanan
12. Pengelolaan urusan tata usaha, kepegawaian, keuangan, hukum dan hubungan masyarakat