Berdasarkan Keputusan Menteri Perhubungan No. 30 Tahun 2006, Menteri Perhubungan telah menetapkan 25 Kantor Distrik Navigasi di seluruh Indonesia yang masing-masing membawahi wilayah kerja kenavigasian yang tidak mengatur oleh wilayah administrasi pemerintah daerah.

Distrik Navigasi Kelas III Sibolga merupakan Unit Pelaksana Teknis Direktorat Jenderal Perhubungan Laut, Kementerian Perhubungan bertanggung jawab menyelenggarakan pelayanan Keselamatan Pelayaran dan Perlindungan Lingkungan Maritim termasuk 10 Kabupaten dan Kota serta berada pada wilayah Pemerintahan Provinsi Sumatera Utara.

Tugas

Melaksanakan perencanaan, pengadaan, pengadaan, dan pengawasan sarana bantu navigasi, pelayaran, serta kegiatan pengamatan, survei hidrografi, aliran dan perlintasan dengan menggunakan sarana instalasi untuk keselamatan berlayar.

Fungsi

1) Penyusunan rencana dan program perang, serta pengawasan sarana navigasi pelayaran, telekomunikasi kapal negara, fasilitas pangkalan, bengkel, pengamatan laut dan survei hidrografi serta alur alur dan perlintasan;

2) Penyusunan rencana kebutuhan dan pelaksanaan, penyimpanan, penyaluran dan penghapusan perlengkapan dan peralatan untuksarana bantu navigasi pelayaran, telekomunikasi kapal negara, fasilitas pangkalan, bengkel, pemantauan laut dan survei hidrografi serta alur dan perlintasan;

3) Pelaksanaan program kapal perang dan pemeliharaan sarana navigasi pelayaran, telekomunikasi berlayar, kapal negara kenavigasian, dan fasilitas pangkalan serta bengkel;

4) Pelaksanaan pengamatan laut dan survei hidrografi, serta jalur dan perlintasan;

5) Pelaksanaan urusan logistik;

6) Pelaksanaan analisis dan evaluasi perang, pengawakan dan Pemeliharaan alat bantu navigasi kapal, telekomunikasi berlayar, kapal negara kenavigasian, fasilitas pangkalan, bengkel, pemantauan laut dan survei hidrografi serta pergerakan alur dan perlintasan;

7) Pelaksanaan urusan, keuangan, kepegawaian, ketatatusahaan, kerumahtanggaan, hubungan masyarakat, dan pengolahan data, dokumentasi serta penyusunan laporan.