Tugas dan fungsi Distrik Navigasi Kelas II Jayapura mengacu pada keputusan menteri perhubungan KM. 30 Tahun 2006  tentang  Organisasi dan Tata Kerja Distrik Navigasi pasal 2 dan 3 sebagai berikut :

1. TUGAS DISTRIK NAVIGASI KELAS II JAYAPURA

Berdasarkan KM. 30 Tahun 2006 Pasal 2 Distrik navigasi kelas II Jayapura mempunyai tugas melaksanakan perencanaan, pengoperasian, pengadaan, dan pengawasan Sarana Bantu Navigasi Pelayaran, telekomunikasi pelayaran, serta kegiatan pengamatan laut, survey hidrografi, pemantauan alur dan perlintasan dengan menggunakan sarana instalasi untuk kepentingan keselamatan pelayaran.

2. FUNGSI DISTRIK  NAVIGASI KELAS II JAYAPURA

Dalam melaksanakan tugas sebagaimana dimaksud Distrik Navigasi Kelas II Jayapura Berfungsi sebagai :

1. Penyusunan rencana dan program pengoperasian, serta pengawasan sarana bantu navigasi pelayaran, telekomunikasi pelayaran, kapal negara kenavigasian, fasilitas pangkalan, bengkel, pengamatan laut dan survey hidrografi serta pemantauan alur dan perlintasan;
2. Penyusunan rencana kebutuhan dan pelaksanaan pengadaan, penyimpanan, penyaluram dan penghapusan perlengkapan dan peralatan untuk sarana bantu navigasi pelayaran, telekomunikasi pelayaran, kapal negara kenavigasian, fasilitas pangkalan, bengkel, pengamatan laut dan survey hidrografi serta pemantauan alur dan perlintasan;
3. Pelaksanaan program pengoperasian dan pemeliharaan sarana bantu  navigasi pelayaran, telekomunikasi pelayaran, kapal negara kenavigasian dan fasilitas pangkalan serta bengkel;
4. Pelaksanaan pengamatan laut dan survey hidrografi serta pemantauan alur dan perlintasan;
5. Pelaksanaan urusan logistik;
6. Pelaksanaan analisis dan evaluasi pengoperasian, pengawakan dan pemeliharaan sarana bantu navigasi pelayaran, telekomunikasi pelayaran, kapal negara kenavigasian, fasilitas pangkalan, bengkel, pengamatan laut dan survey hidrografi serta pemantauan alur dan perlintasan;
7. Pelaksanaan urusan keuangan, kepegawaian, ketatausahaan, kerumahtanggaan, hubungan masyarakat, pengumpulan dan pengolahan data, dokumentasi serta penyusunan laporan.