Tugas pokok dan fungsi Kantor Unit penyelenggara Pelabuhan Kelas III Sikara-kara Natal adalah melaksanakan  tugas pemberian pelayanan jasa lalu lintas angkutan laut, kepelabuhan, keamanan dan keselamatan pelayaran untuk memperlancar angkutan laut.

Dalam melaksanakan tugas pokok dan fungsi, Kantor Unit Penyelenggara Pelabuhan Kelas III Sikara-kara Natal berpedoman dengan peraturan perundang-undangan dan dalam melaksanakan tugasnya, Kantor Unit Penyelenggara Pelabuhan Kelas III Sikara-kara Natal menyelenggarakan fungsi sebagai berikut :

1. Pengawasan kegiatan lalu lintas dan angkutan laut yang meliputi lalu lintas kapal, penumpang, barang, hewan dan pemantauan pelaksanaan tarif;

3.

2. Pengawasan  kegiatan  penunjang  angkutan  laut,pembinaan  tenaga kerja  bongkar muat dan pemantauan tarif;
3. Penilikan terhadap pemenuhan persyaratan kelaiklautan kapal dan pemberian Surat Izin Berlayar (SIB);
4. Pelaksanaan tindakan pencegahan dan penanggulangan pencemaran serta pemadaman kebakaran diperairan pelabuhan dan bandar;
5. Pelaksanaan pengamanan, penertiban dan penegakan peraturan di bidang pelayaran, penyidikan tindak pidana pelayaran di perairan pelabuhan bandar guna menjamin kelancaran operasional pelabuhan;
6. Pelaksanaan pemeriksaan nautis, teknis, radio, peralatan, pembangunan dan perombakan kapal serta verifikasi  manajemen keselamatan kapal dan penerbitan sertifikat;
7. Pelaksanaan pengukuran dan status hukum kapal, serat kebangsaan dan hipotek kapal serta pengurusan dokumen pelaut, penyijilan awak kapal dan perjanjian kerja laut;
8. Penyusunan rencana kerja operasional kegiatan pelayanan pelabuhan;
1. Pelaksanaan pemberian pelayanan jasa kepelabuhanan dan kegiatan pelaksanaan pemanduan dan penundaan kapal;
10. Penilikan alur pelayaran dan kolam pelabuhan dan teknis kepelabuhanan;
11. Pelaksanaan urusan administrasi dan kerumahtanggaan.